Corresponde á Secretaría Xeral a xestión económico-financeira, presupostaria e de réxime interior, así como a dirección do persoal. Tamén é da súa competencia a elaboración do anteproxecto do presuposto do próximo exercicio, e a elaboración da Memoria de execución do programa elaborado polo organismo durante o exercicio precedente.

Desempeña tamén todas as vidades relacionadas cos aspectos legais e administrativos do CIS, e a Secretaría do Consello Asesor.