Le secrétariat général est chargé de la gestion économico-financière, budgétaire et de régime intérieur, ainsi que de la direction du personnel. Il est aussi de sa compétence d’élaborer l’avant-projet du budget du prochain exercice et du mémoire d’exécution du programme élaboré par l’organisme pendant l’exercice précédent.

Il réalise également toutes les activités en rapport avec les aspects juridiques et administratifs du CIS et le secrétariat du Conseil consultatif.