Correspon a la Secretaria General la gestió economicofinancera, pressupostària i de règim interior, així com la direcció del personal. També és de la seva competència l'elaboració de l'avantprojecte del pressupost de l'exercici següent, i l'elaboració de la Memòria d'execució del programa elaborat per l'organisme durant l'exercici precedent.

Exerceix també totes aquelles activitats relacionades amb els aspectes legals i administratius del CIS, i la Secretaria del Consell Assessor.